基于GPU的机器学习Python库——RAPIDS简介及其使用方法

标签：#GPU##机器学习##深度学习# 时间：2019/07/06 10:58:40 作者：小木

随着深度学习的火热，对计算机算力的要求越来越高。从2012年AlexNet以来，人们越来越多开始使用GPU加速深度学习的计算。

然而，一些传统的机器学习方法对GPU的利用却很少，这浪费了很多的资源和探索的可能。在这里，我们介绍一个非常优秀的项目——RAPIDS，这是一个致力于将GPU加速带给传统算法的项目，并且提供了与Pandas和scikit-learn一致的用法和体验，非常值得大家尝试。如果需要使用传统机器学习方法处理大规模的数据，这是非常值得使用的库。这里列举的只是少部分功能，它的强大远远超过你的想象。

目前，RAPIDS提供三个模块处理数据：cuDF相当于Pandas，cuML相当于scikit-learn，cuGraph则是处理图数据的（如PageRank算法）。由于它的兼容性很好，我们可以把RAPIDS与深度学习框架结合，用cuDF来利用GPU加速处理数据，然后使用PyTorch的深度学习模型处理任务。这也是可以的。所以，它非常灵活而且强大。

RAPIDS在Medium上也有博客，介绍了很多使用RAPIDS处理任务的技巧，如使用RAPIDS处理金融数据、使用cuDF加速协同过滤等。链接可以看参考一章。

一、为什么使用GPU
二、RAPIDS简介
三、使用方法

一、为什么使用GPU

相比较CPU而言，GPU是由很多个简单的核组成的计算单元，它可以并行处理很多个任务（而CPU是有较少的复杂的核心组成，执行序列任务，只能同时执行很少的线程）。同时，GPU也比CPU有更好的带宽优化。而深度学习的基本算子则是矩阵乘法、向量加减和单值运算，它的特点是基本算子计算简单，但是对算力的需求较高。这正好与GPU的特点相结合。因此，GPU是目前加速深度学习最合适的硬件。

当然，这里不得不提到的是CUDA。CUDA是一个直接运行在GPU上的并行计算平台和编程模型。它是由Nvidia开发的，目的是为了充分利用Nvidia家的GPU计算能力。虽然基于GPU的并行计算平台和编程框架还有很多，如OpenCL等。但是，CUDA是目前应用最广泛的一个。

在CUDA之上，我们可以使用C、C++和Fortran编程语言，但这类语言的入门门槛较高，所以很多框架都在此之上提供了Python的用户编程入口。如TensorFlow，它的底层就是使用C语言编写，可以运行在CUDA上，因而可以充分利用GPU的并行计算能力。下图是TensorFlow的架构：

尽管如此，目前只有深度学习框架比较充分利用了GPU的加速功能。而很多传统机器学习算法大多数只能运行在CPU上，为了加速传统机器学习算法的运行速度，现在也有一些组织开始提供类似的框架了。而RAPIDS就是其中非常优秀的一个。

二、RAPIDS简介

RAPIDS是一个开源的库，它提供了端到端的数据科学和分析流程，以及一些传统的经典机器学习算法，可以完全运行在GPU上。它与一些主流的库完美兼容，如Pandas等，因此，入门不高。

与TensorFlow类似，RAPIDS的底层使用C语言编写，并利用NVIDIA的CUDA平台进行GPU的加速。在上层则提供Python的编程接口。RAPIDS架构如下：

RAPIDS起源于Apache Arrow和GoAi项目。目前包括了三个项目：

cuDF
cuML
cuGraph

我们分别简单介绍一下。

2.1、cuDF

cuDF是基于Apache Arrow构造（这是一种基于内存的数据处理的跨语言平台），但是一种GPU的DataFrame库。可以用来加载、过滤、表征数据。cuDF提供了类似Pandas的编程接口。上手非常容易。

如下面的官方示例：

import cudf
tips_df = cudf.read_csv(file)
tips_df['tip_percentage'] = tips_df['tip']/tips_df['total_bill']*100

可以看到，它与Pandas的处理方式几乎一模一样。

2.2、cuML

cuML是RAPIDS项目中实现机器学习算法和数学计算的库。它可以让我们在GPU上运行传统的机器学习算法。为了方便大家使用，cuML还提供了与scikit-learn像似的算法接口。

与在CPU上运行相比，cuML运行在GPU上要快10-50倍。下图给出了RAPIDS数据处理到算法运算的速度对比：

可以看到，RAPIDS的速度要比运行在CPU上的sklearn算法速度快很多。

2.3、cuGraph

cuGraph是一个用来处理图形数据的库，主要吹cuDF在GPU上的数据。它期望提供类似NetworkX接口的工具，可以帮助大家处理图挖掘问题。目前支持的算法包括PageRank、BSF等。

三、使用方法

RAPIDS依赖一些其他的基本库。因此，使用RAPIDS之前需要安装一些依赖的库。目前，RAPIDS需要的东西：

GPU: NVIDIA Pascal及更好的GPU，兼容6.0以上版本
OS：Ubuntu 16.04/18.04或者CentOS7(需要gcc5.4和7.3)
Docker: Docker CE v18+和NVIDIA-docker v2+
CUDA：9.2且驱动是v396.37以上，或者10.0驱动v410.48以上

cuDF的使用和Pandas基本一致，cuML的使用和sklearn的方法基本一致。所以上手非常简单。我们看一下官网运行DBSCAN的例子即可：

import cudf
from cuml.cluster import DBSCAN
# Create and populate a GPU DataFrame
gdf_float = cudf.DataFrame()
gdf_float['0'] = [1.0, 2.0, 5.0]
gdf_float['1'] = [4.0, 2.0, 1.0]
gdf_float['2'] = [4.0, 2.0, 1.0]
# Setup and fit clusters
dbscan_float = DBSCAN(eps=1.0, min_samples=1)
dbscan_float.fit(gdf_float)
print(dbscan_float.labels_)

输出的结果是：

0    0
1    1
2    2
dtype: int32

参考：
https://medium.com/shachishah.ce/do-we-really-need-gpu-for-deep-learning-47042c02efe2

https://towardsdatascience.com/heres-how-you-can-accelerate-your-data-science-on-gpu-4ecf99db3430

https://rapids.ai/

https://medium.com/rapids-ai